Các nhóm đề tài chính của Chương trình Tây Nguyên 3 từ nay đến năm 2015 được xác định như sau: Nghiên cứu, đánh giá tổng hợp các vấn đề về tài nguyên thiên nhiên, môi trường và phòng tránh giảm nhẹ thiên tai; nghiên cứu, đánh giá các vấn đề kinh tế, văn hóa, xã hội, dân cư, dân tộc, tôn giáo và an ninh - quốc phòng trong tiến trình phát triển bền vững; nghiên cứu ứng dụng và chuyển giao công nghệ thích hợp nhằm tạo ra các sản phẩm hàng hóa có giá trị kinh tế cao, nâng cao hiệu quả kinh tế trong khai thác sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên khu vực.

Cuối năm 2011, Ban Chủ nhiệm Chương trình Tây Nguyên 3 đã lựa chọn được 19 nhiệm vụ khoa học tự nhiên, khoa học - công nghệ thông qua các hội đồng khoa học tư vấn tuyển chọn, xét chọn để trình Bộ Khoa học và Công nghệ cho triển khai kịp thời. Trong đó, 12 nhiệm vụ tập trung điều tra cơ bản, nghiên cứu thực trạng tài nguyên khoáng sản, đất, nước, sinh vật trên Tây Nguyên. Vấn đề thoái hóa, hoang mạc hóa và tai biến thiên nhiên; bảo tồn tri thức bản địa, các bài thuốc dân tộc, đánh giá tổng hợp nguồn lực tự nhiên và xây dựng bộ tiêu chí phát triển bền vững kinh tế - xã hội Tây Nguyên. Bảy đề tài triển khai ứng dụng công nghệ cao cải tạo môi trường đất phát triển nông nghiệp: Nhân giống heo rừng Tây Nguyên, phát triển bò sữa cao sản; phát triển dịch vụ thông tin đa phương tiện tại khu vực Tây Nguyên;... Ðến nay, các tập thể, nhà khoa học đã tiến hành 23 chuyến khảo sát khu vực Tây Nguyên, 316 chuyên đề khoa học đã được hoàn thành, 33 bộ bản đồ và ảnh vệ tinh đã được xây dựng, xử lý. Những kết quả ban đầu đã bám sát mục tiêu, nội dung đặt ra trong đề cương nghiên cứu. Bước sang năm 2012, Ban Chủ nhiệm Chương trình Tây Nguyên 3 lựa chọn được 12 nhiệm vụ khoa học về kinh tế - xã hội và nhân văn, an ninh - quốc phòng và chín nhiệm vụ khoa học tự nhiên và công nghệ, trình Bộ Khoa học và Công nghệ cho triển khai. 12 nhiệm vụ khoa học xã hội nhân văn đã đề cập các vấn đề cấp thiết như: Hệ thống chính trị cơ sở, dân cư, dân tộc, tôn giáo, giáo dục và đào tạo, văn hóa và lối sống; vấn đề tái cơ cấu kinh tế, hợp tác phát triển kinh tế xuyên biên giới; quản lý đất đai, nông nghiệp, nông dân, nông thôn và vấn đề an ninh - quốc phòng. Chín nhiệm vụ khoa học tự nhiên bao gồm: Công tác điều tra sàng lọc nguồn tài nguyên dược liệu; xây dựng hệ thống thông tin giám sát lớp phủ rừng; đánh giá tổng hợp tài nguyên du lịch, dự báo nguy cơ lũ lụt, đánh giá xung đột môi trường khu vực Tây Nguyên;...

Dưới sự chỉ đạo của Bộ Khoa học và Công nghệ, Ban Chủ nhiệm chương trình đã tổ chức các hội đồng khoa học tư vấn xét chọn, tuyển chọn tổ chức và cá nhân chủ trì thực hiện các đề tài cấp Nhà nước thuộc "Chương trình Tây Nguyên 3" triển khai thực hiện từ năm 2012. Theo đó, Chủ tịch Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã quyết định phê duyệt 21 tổ chức và cá nhân trúng tuyển, chủ trì thực hiện các đề tài, dự án nêu trên. Tiếp theo các nhiệm vụ khoa học thực hiện năm 2011 và 2012, Bộ Khoa học và Công nghệ phê duyệt bổ sung các nhiệm vụ cấp thiết từ năm 2013. Chương trình đã xác định được 18 nhiệm vụ nghiên cứu khoa học để tuyển chọn, xét chọn tổ chức, cá nhân chủ trì thực hiện trong kế hoạch năm 2013, trình Chủ tịch Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam phê duyệt. Trong đó, dành sự ưu tiên cho bốn nhiệm vụ đặc thù, cấp thiết với Tây Nguyên như: "Xây dựng cơ sở dữ liệu GIS và Atlas điện tử tổng hợp vùng Tây Nguyên"; "Nghiên cứu công nghệ sản xuất thép và vật liệu xây dựng không nung từ nguồn thải bùn đỏ trong quá trình sản xuất Alumina tại Tây Nguyên"; "Các giá trị phát triển cơ bản của vùng Tây Nguyên và lựa chọn mô hình phát triển bền vững mang tính đặc thù Tây Nguyên"; "Phân tích đánh giá tác động của hệ thống chính sách đổi mới đối với phát triển bền vững Tây Nguyên". Ðịnh hướng mục tiêu và yêu cầu đối với sản phẩm đã được các hội đồng tư vấn xác định rõ ràng, cụ thể và đã giao cho các đơn vị và cá nhân thực hiện.

14 nhiệm vụ nghiên cứu khoa học còn lại triển khai, thực hiện trong năm 2013 cũng đã được Ban Chủ nhiệm Chương trình Tây Nguyên 3 xác định. Trong đó bảy nhiệm vụ thuộc lĩnh vực khoa học tự nhiên và công nghệ như: Nghiên cứu phát triển cơ sở hạ tầng thông tin truyền thông; Nghiên cứu đánh giá thực trạng sức khỏe, cơ cấu bệnh tật và bảy nhiệm vụ thuộc lĩnh vực Khoa học xã hội và Nhân văn bao gồm những vấn đề: Ðô thị hóa và quản lý đô thị; dân số và di dân; Phát triển doanh nghiệp ở Tây Nguyên;...

Bên cạnh các nhiệm vụ điều tra, nghiên cứu, qua các cuộc gặp gỡ, làm việc, Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Chương trình Tây Nguyên 3 đã ký hợp tác đào tạo, nghiên cứu với Trường đại học Tây Nguyên nhằm tăng cường nguồn nhân lực khoa học - công nghệ tại chỗ. Mặt khác, thông qua chương trình xây dựng các Viện Khoa học Công nghệ, Viện Khoa học Xã hội và Nhân văn vùng Tây Nguyên, mối quan hệ, hợp tác trong hoạt động nghiên cứu, chuyển giao công nghệ giữa Trung ương và các địa phương vùng Tây Nguyên sẽ được chặt chẽ và đạt hiệu quả cao hơn...