Theo báo cáo quốc gia về đa dạng sinh học, Việt Nam được xếp thứ 16 trên thế giới với nhiều kiểu hệ sinh thái, các loài sinh vật, đặc biệt là quốc gia có nhiều nguồn gene quý hiếm. Tuy nhiên, nhiều chuyên gia cho rằng bên cạnh việc chúng ta ban hành khung chính sách và pháp lý về bảo tồn sớm nhất Đông Nam Á thì việc cấp kinh phí cho công tác bảo tồn, nghiên cứu… lại chậm và khiêm tốn nhất. Điều này dẫn đến nhiều hạn chế trong việc thực hiện điều tra, thu thập, bổ sung cũng như triển khai các nghiên cứu đánh giá, khai thác, phát triển. Bên cạnh đó, việc sử dụng kinh phí chưa thật hiệu quả, mới chỉ tập trung vào điều tra, thu thập, bảo quản và đánh giá ban đầu, còn đánh giá chi tiết và khai thác, sử dụng còn hạn chế. Ngoài ra, nhận thức việc bảo tồn nguồn gene, quỹ gene chưa được các cấp có thẩm quyền và xã hội quan tâm đúng mức. Đây cũng là một trong những lý do làm cho tình trạng cấp kinh phí cho nhiệm vụ bảo tồn nguồn gene, quỹ gene quốc gia quá ít và kéo dài.

Vụ trưởng Vụ KH và CN các ngành kinh tế kỹ thuật - Bộ KH và CN Nguyễn Văn Liễu chia sẻ: từ năm 2009 - 2011, tổng kinh phí hằng năm giao cho các bộ, ngành thực hiện nhiệm vụ về quỹ gene chỉ khoảng 20 tỷ đồng, từ năm 2012 đến nay mới đạt xấp xỉ 35 tỷ đồng. Với nguồn kinh phí còn hạn hẹp như vậy, công tác bảo tồn nguồn gene ở Việt Nam chủ yếu là bảo tồn tại chỗ trong điều kiện tự nhiên nơi phát sinh nguồn gene.

Đồng quan điểm, Phó Vụ trưởng Vụ KHCN nông nghiệp Nguyễn Giang Thu, Bộ NN và PTNT cho biết: việc bảo tồn quỹ gene chưa nhận được sự quan tâm của xã hội và các cấp có thẩm quyền. Chính vì vậy việc tăng cường kinh phí cho triển khai thực hiện nhiệm vụ khai thác và phát triển, đánh giá di truyền nguồn gene cấp bộ, cấp tỉnh. Đa dạng hóa nguồn tài chính phục vụ cho công tác bảo tồn, trong đó có nguồn của Nhà nước, tư nhân, doanh nghiệp và nguồn hợp tác quốc tế để đảm bảo tính lâu bền của công tác bảo tồn, phát triển nguồn gene.

Cơ bản nhất trí với các đại biểu, đại diện lãnh đạo Viện vi sinh vật và công nghệ sinh học, Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh cho rằng: cần phải xây dựng Trung tâm nguồn gene Quốc gia với mục tiêu cung cấp các chủng vi sinh vật với chất lượng nguồn gene và thông tin liên quan theo chuẩn quốc tế.

Cục trưởng Cục KHCN và đào tạo Gs.Ts Nguyễn Công Khẩn - Bộ Y tế cho biết: Nhà nước cần có chính sách giao quyền sử dụng đất lâu dài cho các tổ chức bảo tồn, lồng ghép bảo tồn với chính sách phát triển nông nghiệp, nông thôn, nông dân; lồng ghép KHCN về bảo tồn, khai thác và phát triển nguồn gene. Bên cạnh đó, cần xây dựng một Chương trình bảo tồn và sử dụng bền vững nguồn gene trình Chính phủ phê duyệt nhằm đẩy mạnh hoạt động KH.CN về quỹ gene, bảo tồn và sử dụng hiệu quả nguồn tài nguyên sinh học quốc gia; tăng cường áp dụng các tiến bộ KHCN trong lưu giữ, bảo quản, tư liệu hóa nguồn gene, các đại biểu cũng đề nghị cần quan tâm đúng mức đến việc đào tạo, thu hút, sử dụng nguồn nhân lực có trình độ cao cho hoạt động bảo tồn nguồn gene; đẩy nhanh việc khai thác và phát triển các nguồn gene thành sản phẩm thương mại đối với các nguồn gene có tính trạng quý hiếm, có giá trị kinh tế thành các giống bổ sung vào bộ giống quốc gia, tạo ra một số sản phẩm chủ lực phục vụ xuất khẩu và tiêu dùng nội địa.

Đánh giá về vấn đề này tại hội nghị KHCN về quỹ gene được tổ chức mới đây, Bộ trưởng Bộ KH và CN Nguyễn Quân cho biết, vấn đề  bảo vệ nguồn gene động thực vật… ở nước ta hiện đang gặp rất nhiều khó khăn và vướng mắc, việc nhận thức của con người, đặc biệt là các nhà quản lý, về giá trị và lợi ích của công tác bảo tồn nguồn gene, đồng thời tìm ra các giải pháp, phương hướng thúc đẩy hoạt động KHCN về quỹ gene là rất cần thiết và quan trọng. Bên cạnh đó là việc thu hút nguồn đầu tư của xã hội với lĩnh vực KHCN về bảo vệ nguồn gene. Hy vọng trong thời gian tới, công tác bảo tồn, lưu giữ nguồn gene động vật, thực vật và vi sinh vật, hoạt động KHCN quỹ gene sẽ có bước phát triển và hiệu quả tốt hơn.