Theo thống kê của Bộ KH&CN, sau 3 năm thực hiện Chương trình 68 đã có 34 dự án được phê duyệt thực hiện liên quan đến hầu hết các nội dung của Chương trình 68 và có có 71 dự án đang được xem xét, thẩm định cho thực hiện trong thời gian tới. Đã có 29 đặc sản nổi tiếng của địa phương được hỗ trợ xác lập, quản lý và phát triển theo các dự án của chương trình, 26 đặc sản khác sẽ được xem xét, hỗ trợ trong năm 2010.

Cục Sở hữu trí tuệ (SHTT) đã ký 34 hợp đồng giao chủ trì thực hiện dự án với các đơn vị; kiểm tra tình hình thực hiện dự án và sử dụng kinh phí của 17 đơn vị; kịp thời cấp kinh phí thực hiện dự án theo quy định.

Đánh giá hiệu quả của chương trình 68 theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ, các đại biểu tham gia hội nghị đều cho rằng Chương trình đã đạt được  những kết quả  nổi bật, tăng cường công tác quản lý của nhà nước; nâng cao nhận thức của người dân, các doanh nghiệp về SHTT; những sản phẩm đã đăng ký bảo hộ được nâng cao giá trị kinh tế. Chương trình này cũng sẽ tạo ra phong trào cho các chương trình thực hiện trong thời gian tiếp theo.

Thứ trưởng Trần Quốc Thắng cho biết : Thông qua chương trình này, bản thân các cơ quan nhà nước, cụ thể là Bộ KH&CN và các Bộ, ngành liên quan cũng rút kinh nghiệm trong việc triển khai những chương trình tương tự.

Tuy nhiên, theo đánh giá của các đại biểu, vẫn còn nhiều khó khăn vướng mắc trong quá trình thực hiện. Ví dụ như  trong công tác tuyên truyền giáo dục còn thiếu vắng việc đào tạo có tính chất chuyên sâu. Sự bền vững của những dự án sau khi xác lập quyền thì việc phát triển và bảo vệ nó như thế nào vẫn chưa được làm rõ. Cơ chế quản lý, hỗ trợ từ phía nhà nước, từ địa phương trong thời gian vừa qua chưa thực sự mạnh mẽ. Đây chính là những điểm mà trong thời gian tới cần phải rút kinh nghiệm và khắc phục.

Hiện tại, Bộ KH&CN đang xây dựng chương trình cho giai đoạn tiếp theo trình Chính phủ. Theo Thứ trưởng Trần Quốc Thắng: Chương trình tiếp theo sẽ  rút kinh nghiệm từ chương trình ở giai đoạn trước để có những đề xuất mới. Ví dụ, mở rộng nội dung chương trình, không chỉ nhằm vào việc xây dựng chỉ dẫn địa lý mà còn bảo hộ Sở hữu công nghiệp (SHCN). Tăng cường hơn nữa việc bảo hộ SHTT cho những phát minh, sáng chế, giải pháp hữu ích. Phát huy những tài sản trí tuệ có sẵn  hoặc những patăng sáng chế đã hết hạn bảo hộ phải tìm cách giải mã hoặc mua những patăng sáng chế ở nước ngoài để phát triển những sản phẩm trong nước.

Công tác giáo dục tuyên truyền đào tạo phải đẩy mạnh dưới hình thức đa dạng hoá như tổ chức các cuộc thi, phong trào mở rộng diện tuyên truyền để mỗi người dân đều hiểu về chương trình và biết cách xác lập quyền SHTT của mình và phát huy quyền đó. Cơ chế chính sách phải phù hợp hơn về khâu quản lý, hỗ trợ, chế tài xử phạt phải mạnh mẽ, phù hợp với cam kết của Việt Nam với WTO.