Tuy nhiên, sự hỗ trợ đầu tư của Nhà nước vẫn còn hạn chế, trình độ khoa học công nghệ còn thấp so với các nước trong khu vực đã dẫn đến năng suất, chất lượng hoa, cây cảnh của Việt Nam chưa cao, sản lượng xuất khẩu còn chưa tương xứng với tiềm năng của ngành.

Nếu như trước những năm 1995, nước ta chủ yếu sử dụng những loại hoa, cây cảnh truyền thống như quất, đào, mai, hoa cúc, lay-ơn, thược dược, thì trong những năm trở lại đây một số chủng loại hoa, cây cảnh mới, cao cấp đã dần dần được chú trọng và đang có xu hướng tăng dần về số lượng và giá trị. Có sự thay đổi nói trên là do nhu cầu của người tiêu dùng luôn hướng đến những chủng loại cây cảnh, cây hoa, cây cảnh mới lạ có chất lượng cao (mầu sắc đẹp, độ bền lâu, có hương thơm...), được nhập từ nước ngoài bằng nhiều con đường khác nhau. Sự đóng góp rất lớn của các nhà khoa học trong việc lai tạo, thu thập, tuyển chọn các giống hoa, cây cảnh mới, do vậy việc sản xuất hoa, cây cảnh đã được mở rộng ra hầu hết các tỉnh, thành phố trong cả nước và đã hình thành nhiều vùng sản xuất hoa, cây cảnh mới như Ðan Phượng (Hà Nội), Mộc Châu (Sơn La), An Dương (Hải Phòng), Nam Ðịnh, Thái Bình, Yên Bái, Hà Nam, Cần Thơ, Vĩnh Long... Ðược đầu tư các loại hoa, cây cảnh mới, quy trình  kỹ thuật tiên tiến cho nên năng suất, chất lượng các sản phẩm hoa, cây cảnh đã tăng lên rõ rệt, cũng như cho thu nhập trên đơn vị diện tích cao hơn so với những vùng hoa truyền thống từ hai đến ba lần.

Thống kê cho thấy, so với năm 2000 diện tích hoa, cây cảnh năm 2011 đã tăng 2,4 lần, giá trị sản lượng tăng 7,2 lần (đạt 6.800 tỷ đồng, trong đó xuất khẩu xấp xỉ 50 triệu đô-la Mỹ). Mức tăng giá trị thu nhập trên một đơn vị héc-ta là ba lần, hình thành nhiều mô hình đạt từ 800 triệu đến 2,5 tỷ đồng trên một héc-ta. Kết quả điều tra nhu cầu thị trường hoa, cây cảnh của Việt Nam cho thấy, giai đoạn 2000 - 2011 trung bình mỗi năm tăng 9%. Mức độ tiêu dùng hoa, cây cảnh trung bình của người dân đô thị năm 2000 là 25 nghìn đồng người/năm, đến năm 2011 tăng lên 52 nghìn đồng/năm và khu vực nông thôn mức độ tiêu dùng tương ứng với chỉ bằng 20% so với đô thị.

Tuy nhiên, thực tế cho thấy hiện nay kỹ thuật sản xuất hoa, cây cảnh ở nước ta còn khá lạc hậu so với các nước trong khu vực, chủ yếu vẫn là sản xuất ngoài tự nhiên (tính đến năm 2011, tỷ lệ hoa, cây cảnh áp dụng tiến bộ khoa học mới đạt khoảng 35%. Diện tích trồng hoa, cây cảnh trong nhà có mái che chiếm 12%). Sản lượng tuy đã nhiều, nhưng chất lượng hoa, cây cảnh còn thấp, số cán bộ khoa học đầu ngành còn ít, chủ  yếu là cán bộ khoa học trẻ, không được đào tạo chuyên sâu, chưa có kinh nghiệm. Ngoài ra, phần lớn các nhà khoa học say mê với thực tiễn, kết hợp chặt chẽ giữa nghiên cứu ứng dụng, còn một số nhà khoa học và cán bộ kỹ thuật do chế độ đãi ngộ chưa tương xứng, do vậy chưa thật sự gắn nghiên cứu với ứng dụng, nhiều kết quả nghiên cứu các đề tài, dự án chưa được ứng dụng và mang lại hiệu quả thiết thực cho sản xuất. Bên cạnh đó, cơ chế chính sách còn thiếu đồng bộ, chưa khuyến khích nghiên cứu và đầu tư sản xuất cho lĩnh vực này. Sự đầu tư hỗ trợ của Nhà nước, kể cả đầu tư cho cơ sở hạ tầng, cho nghiên cứu khoa học chưa nhiều so với một số ngành, nghề khác, cũng như chưa có chế độ, chính sách khuyến khích các nhà khoa học trong công tác nghiên cứu phục vụ sản xuất nông nghiệp nói chung, lĩnh vực hoa, cây cảnh nói riêng và sự phối hợp giữa nhà quản lý, nhà khoa học, doanh nghiệp và người dân trong việc đầu tư sản xuất, kinh doanh hoa, cây cảnh còn khá lỏng lẻo...

Ðể đạt được mục tiêu đến năm 2015 cả nước có 20 nghìn héc-ta hoa, cây cảnh với giá trị sản lượng 11 nghìn tỷ đồng, giá trị xuất khẩu 60 triệu đô-la Mỹ như đã đề ra, theo TS Ðặng Văn Ðông, Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Hoa cây cảnh (Viện Rau quả) cho rằng: Thời gian tới cần đẩy mạnh hơn nữa công tác nghiên cứu gắn với sản xuất, các sản phẩm nghiên cứu phải được thử nghiệm và đánh giá từ sản xuất, đồng thời các cơ quan khoa học phải chịu trách nhiệm trước các doanh nghiệp, nhà đầu tư về giống, công nghệ do mình tạo ra và chuyển giao. Hình thành cơ chế "khoán 10" trong nghiên cứu khoa học, nhất là đối với lĩnh vực nghiên cứu hoa, cây cảnh với phương thức Nhà nước đặt hàng (theo yêu cầu của sản xuất và ứng tiền cho các cơ quan khoa học hoặc các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước). Ðối với người nhận đặt hàng được quyền tự chủ và chịu trách nhiệm về kết quả nghiên cứu của mình theo hợp đồng ràng buộc.

Bên cạnh đó, cần quy hoạch một số vùng sản xuất chuyên canh, đầu tư hỗ trợ cơ sở hạ tầng, xây dựng một số mô hình trình diễn sản xuất hoa, cây cảnh ứng dụng công nghệ cao để làm cơ sở nhân ra diện rộng. Tăng cường đầu tư hỗ trợ xây dựng và xúc tiến thương mại, nhất là nhanh chóng trình Chính phủ phê duyệt và thực hiện chương trình quốc gia về "Phát triển sản xuất và xuất khẩu rau, hoa, quả tươi của Việt Nam". Ðầu tư cho công tác khuyến nông về hoa, cây cảnh song song với việc nghiên cứu điều chỉnh các chính sách đất đai, khuyến khích các tổ chức cá nhân cùng đầu tư vào lĩnh vực sản xuất, kinh doanh hoa, cây cảnh với quy mô lớn nhằm tạo ra hàng hóa có chất lượng cao đáp ứng nhu cầu của thị trường.

Ngoài ra, tiến hành xây dựng một số trung tâm giao dịch và chợ đầu mối buôn bán hoa, cây cảnh ở một số vùng trọng điểm có chất lượng hoa, cây cảnh lớn như Hà Nội, Lâm Ðồng, TP Hồ Chí Minh... Ðồng thời, mua bản quyền một số giống hoa, cây cảnh có giá trị và chú trọng đến việc liên doanh, liên kết hoặc thuê chuyên gia nước ngoài tạo giống và đầu tư cho các cơ quan có năng lực tạo giống mới trong nước, cũng như kiểm soát chặt chẽ việc nhập hoa, cây cảnh qua đường tiểu ngạch, qua đó nhằm tạo ra sân chơi bình đẳng giữa các doanh nghiệp trong và ngoài nước đối với lĩnh vực này...