Đất ít, người đông, doanh thu từ ruộng đất thấp là nguồn gốc của tình trạng nghèo đói của phần lớn nông dân nước ta. Hiện tại, bình quân GDP nông nghiệp chỉ đạt 200 USD/người/năm, trong khi GDP bình quân của cả nước là 1.600 USD/người/năm. Một cuộc khảo sát gần đây cho thấy, có tới 47,4% nông dân chưa hài lòng về cuộc sống, có nơi bỏ ruộng, thậm chí bỏ làng để tìm sinh kế ở nơi khác. Những đòi hỏi này đặt ra vấn đề phải tìm kiếm động lực mới gắn với cơ cấu sản xuất nông nghiệp mới, nhằm tạo bước đột phá, đáp ứng nguyện vọng cải thiện nhanh đời sống nông dân. Từ năm 2008 đến nay, Nhà nước đã đầu tư hơn 3.930 tỷ đồng cho nghiên cứu khoa học, ứng dụng vào phát triển nông nghiệp, song hoạt động này vẫn còn nhiều hạn chế và nhiều lĩnh vực thấp kém so với các nước trong khu vực. Theo ông Nguyễn Văn Bộ, Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, có một thực tế là hầu như mọi chủ trương, chính sách đầu tư đều hướng vào sản xuất càng nhiều lương thực càng tốt. Chính vì tư duy như vậy nên đầu tư thủy lợi cũng hướng chủ yếu cho mở rộng diện tích đất trồng lúa, tập trung nghiên cứu tạo giống lúa mà ít nghiên cứu về kỹ thuật. Trong giống lại phần lớn là lúa năng suất, chưa chú trọng đúng mức yêu cầu về chất lượng, nhất là chất lượng đáp ứng yêu cầu của thị trường khó tính. Khi hướng vào năng suất, lượng phân bón sử dụng tăng nhanh (năm 2012, tổng lượng phân bón tiêu thụ lên tới hơn 12 triệu tấn các loại, tức là gần 1 tấn cho 1ha cây trồng), nhưng trong 10 năm qua, không có đề tài cấp bộ nào nghiên cứu về phân bón vô cơ, trong khi có tới 85 đề tài chọn, tạo giống và 21 đề tài nghiên cứu về bảo vệ thực vật.

Một bất cập nữa là hệ thống nghiên cứu khoa học - công nghệ nông nghiệp gồm các viện, trường học, trung tâm khá hùng hậu, với đội ngũ cán bộ nghiên cứu gần 11.000 người, song vẫn thiếu nhà khoa học giỏi. Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Lê Quốc Doanh cho biết, cán bộ khoa học có học hàm giáo sư, phó giáo sư phần lớn đã cao tuổi (trên 55 tuổi); tỷ lệ cán bộ khoa học có đủ năng lực chủ trì đề tài nghiên cứu đưa lại kết quả tốt còn thấp và sẽ bị hẫng hụt trong những năm trước mắt, trong khi việc tuyển dụng đang gặp khó khăn, vì chế độ đãi ngộ chưa tương xứng, điều kiện làm việc ở vùng nông thôn chưa cao... "Thị trường công nghệ chậm phát triển, các kết quả nghiên cứu được tạo ra khó giữ được bản quyền. Đối tượng sử dụng kết quả nghiên cứu là nông dân, người có thu nhập thấp, việc chuyển nhượng gặp khó khăn, kinh doanh trong nông nghiệp gặp rủi ro cao..., khó có điều kiện nâng cao thu nhập cho cán bộ khoa học" - ông Lê Quốc Doanh phân tích.

Ngoài ra, số lượng doanh nghiệp đầu tư trong nông nghiệp không đáng kể và phần lớn chỉ tập trung đầu tư cho các công đoạn thu hồi nhanh, lợi nhuận cao như thu gom, chế biến và xuất khẩu. Do vậy, liên kết "4 nhà" không được thực thi hiệu quả, sản xuất theo hợp đồng không triển khai được trên quy mô rộng, kể cả cánh đồng mẫu lớn hiện nay.

Muốn tăng thu nhập cho nông dân, việc nghiên cứu, ứng dụng khoa học - công nghệ vào sản xuất là yếu tố tiên quyết, nguyên Phó Thủ tướng Nguyễn Công Tạn cho rằng, tiêu chí quan trọng nhất về hiệu quả kinh tế của nông nghiệp được tính bằng doanh thu và tỷ suất lợi nhuận trên một đơn vị diện tích đất. Vì vậy, mục tiêu hướng tới với 18 triệu ha đất nông nghiệp, đất trồng rừng kinh tế và mặt nước nuôi trồng thủy sản trong 20 năm nữa, thu nhập phải tăng lên 100 triệu đồng/ha/năm và đến năm 2050 đạt trên 200 triệu đồng, bảo đảm mức thu lãi cho nông dân từ 20 đến 30% (hiện con số này mới đạt khoảng 50 triệu đồng/ha).

Để thực hiện thành công, yếu tố con người là cốt lõi. Theo các nhà khoa học, Nhà nước phải tạo điều kiện tốt cho công tác nghiên cứu như trao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cho các đơn vị khoa học công lập. Bởi, trên thực tế việc trao quyền tự chủ về tổ chức cán bộ, ký kết hợp đồng với cán bộ khoa học, giao tài sản, giao vốn cho các đơn vị, khoán đề tài... vẫn chưa được thực hiện. Về định hướng nghiên cứu, ứng dụng và phát triển, cần đầu tư nhiều hơn cho sản xuất rau, trái cây, hoa, thức ăn chăn nuôi…