Dự thảo Nghị định gồm 4 chương, 28 điều, quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành các Điều 52, 53, 54, 58, 63 của Luật KH - CN và một số nội dung cần thiết về dự toán NSNN và nội dung chi cho hoạt động KHCN, quản lý nhà nước về quỹ phát triển KHCN, chính sách thuế, tín dụng đối với hoạt động KHCN.

Về đầu tư cho hoạt động KHCN, dự thảo nghị định đã cụ thể hóa các nội dung hoạt động KHCN được ngân sách chi trả nhằm quản lý nguồn NSNN cấp cho hoạt động KHCN được sử dụng hiệu quả, đúng mục đích hơn. Dự thảo Nghị định cũng quy định về cơ chế đầu tư đặc biệt và phương thức thực hiện đối với các nhiệm vụ KHCN đặc biệt. Cụ thể, Nhà nước bảo đảm đủ kinh phí từ NSNN để thực hiện các nhiệm vụ KHCN đặc biệt. NSNN để thực hiện các nhiệm vụ KHCN đặc biệt được huy động từ nguồn ngân sách cho KHCN và các nguồn ngân sách khác theo quy định của Luật Ngân sách.

Nhiệm vụ KHCN đặc biệt được giao trực tiếp cho tổ chức chủ trì thực hiện sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Đối với nhiệm vụ KHCN đặc biệt phải thực hiện cấp bách, cơ quan chủ trì có trách nhiệm triển khai kịp thời nhiệm vụ theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, được tạm ứng kinh phí để thực hiện, đồng thời xây dựng dự toán tổng kinh phí trình phê duyệt; nhiệm vụ KHCN đặc biệt được thực hiện theo phương thức khoán chi đến sản phẩm cuối cùng; tổ chức chủ trì thực hiện nhiệm vụ KHCN đặc biệt được mở tài khoản riêng dùng cho việc tiếp nhận và giải ngân nguồn kinh phí phục vụ cho nhiệm vụ KHCN đặc biệt đã được phê duyệt; tổ chức chủ trì thực hiện nhiệm vụ KHCN đặc biệt được quyền bổ sung nội dung và kinh phí theo yêu cầu cụ thể của nhiệm vụ.

Về đầu tư của doanh nghiệp, theo dự thảo Nghị định, doanh nghiệp nhà nước sản xuất thuộc các lĩnh vực nông, lâm nghiệp, thủy sản và công nghiệp, xây dựng có tổng nguồn vốn trên 100 tỷ đồng phải trích 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập quỹ phát triển KHCN của doanh nghiệp. Các doanh nhiệp nhà nước còn lại sẽ trích tối thiểu 5% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Doanh nghiệp ngoài nhà nước được quyền trích từ thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp một tỷ lệ hợp lý, tối đa 10% để lập quỹ phát triển KHCN của doanh nghiệp.

Về cơ chế tài chính, dự thảo nghị định đã quy định rõ về kinh phí hoạt động thường xuyên đối với các tổ chức KHCN công lập; cơ chế quản lý kinh phí thực hiện nhiệm vụ KHCN sử dụng NSNN; khoán chi đến sản phẩm cuối cùng đối với các nhiệm vụ KHCN sử dụng NSNN; khoán chi một phần đối với các nhiệm vụ KHCN sử dụng NSNN; sử dụng kinh phí khoán chi thực hiện nhiệm vụ KHCN sử dụng NSNN; mua kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ có sẵn bằng nguồn NSNN; mua kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ theo hình thức đặt mua; chính sách thuế, tín dụng đối với hoạt động KHCN; chính sách ưu đãi đối với doanh nghiệp KHCN.

Theo nhiều chuyên gia, dự thảo nghị định là bước mở, đột phá lớn với những người làm khoa học bởi vấn đề đầu tư và cơ chế tài chính là khâu khó khăn, bất cập trong những năm qua. Bên cạnh đó, nhiều ý kiến đề nghị, cần có tiêu chí xác định nhiệm vụ KHCN sử dụng NSNN được thực hiện khoán chi, khoán chi một phần. Đối với các khoản khoán chi đến sản phẩm cuối cùng nên áp dụng hợp đồng như mua sản phẩm khoa học, công nghệ từ nguồn NSNN. Đối với nhiệm vụ KHCN dùng NSNN bị dừng thực hiện hoặc không đạt yêu cầu nên áp dụng theo cơ chế hợp đồng thật chặt chẽ, trong đó có trách nhiệm cả bên thực thi và bên giám sát hợp đồng…