Hàng năm, Nhà nước dành khoảng 22% từ 2% tổng chi ngân sách nhà nước cho KHCN bố trí cho các dự án đầu tư phát triển KHCN địa phương. Số kinh phí này được phân bổ vào tổng chi ngân sách Trung ương hỗ trợ địa phương (đối với các tỉnh, thành phốë có số thu không đủ bù chi), hoặc cân đối trong số chi ngân sách Trung ương để lại cho địa phương (đối với tỉnh, thành phốë có số thu vượt số chi).

Trong 5 năm, 2006-2010, có 4 tỉnh thực hiện vốn đầu tư phát triển KHCN vượt con số Trung ương cân đối là: Lạng Sơn, Hòa Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế. Có 4 tỉnh bố trí vốn đầu tư phát triển được 81- 94% so với mức Trung ương giao, đó là: Thanh Hóa, Phú Yên (81%), Trà Vinh (89%), Cần Thơ (94%). Có 11 tỉnh bố trí vốn đầu tư phát triển được 60 - 80% so với mức Trung ương giao, đó là:  Tuyên Quang (62%), Bắc Kạn (72%), Phú Thọ (62%), Quảng Ninh (78%), Bắc Ninh (79%), Nam Định (68%), Nghệ An (65%), Gia Lai (60%), An Giang (66%), Kiên Giang (60%) và Bạc Liêu (66)%.

Việc giải ngân chi đầu tư phát triển cho KHCN của các địa phương so với mức chi đầu tư phát triển do Trung ương phân bổ trong 6 năm qua là có nhiều tiến bộ: tăng từ 8,5% lên 59,6% năm 2010 và 49% năm 2011. Theo khảo sát, việc bố trí chi đầu tư phát triển cho địa phương, giai đoạn 2006-2011, bình quân (tính theo tỷ lệ trên mỗi đồng chi thường xuyên) có tỷ lệ cao hơn gấp đôi so với tỷ lệ này tại các bộ, ngành, Trung ương.

Tuy nhiên, trong tổng chi đầu tư phát triển được giải ngân, vẫn còn những tỉnh, thành phố bố trí kinh phí đầu tư phát triển không đúng đối tượng là tổ chức KHCN, không đúng nội dung là đầu tư cơ bản cho các tổ chức KHCN, nâng cao năng lực cho các tổ chức KHCN. Vốn đầu tư phát triển ưu tiên cho lĩnh vực quốc sách hàng đầu, nhưng lại bố trí sử dụng cho những lĩnh vực khác, như: làm đường; xây bệnh viện; khu xử lý chất thải rắn, bãi rác thải; lập mạng lưới quan trắc tài nguyên...

Cần những quyết sách kịp thời

Mặc dù có được nguồn kinh phí đầu tư phát triển lớn, nhưng tại các địa phương hiện nay lại đang tồn tại một nghịch lý là nguồn nhân lực rất thiếu và yếu. Việc phân bố nhân lực KHCN của nước ta, nhất là nhân lực KHCN có trình độ cao, chủ yếu tập trung tại các tổ chức KHCN của Chính phủ, các tổ chức KHCN của các bộ, ngành và tại các thành phố lớn. Số liệu điều tra của Viện Khoa học thống kê tiến hành thực hiện năm 2002 cho thấy có tới 90% nhân lực có trình độ tiến sỹ tập trung tại 2 vùng trọng điểm là đồng bằng sông Hồng và Đông Nam bộ, trong đó riêng tại Hà Nội và TP Hồ Chí Minh có đến 83% tổng nhân lực có trình độ tiến sỹ trở lên của cả nước.

Trong khi đó, xu thế tập trung đầu tư phát triển - đầu tư phần cứng - cho KHCN trong thời gian qua đang tập trung theo kiểu bình quân, dàn trải; và những vùng, địa phương không có tập trung nguồn nhân lực KHCN có trình độ lại được bố trí vốn đầu tư phát triển nhiều. Cụ thể là cứ mỗi đồng chi thường xuyên thì được bố trí từ 1,1 - 1,7 đồng chi đầu tư phát triển. Vậy nhưng, khu vực tập trung nhiều nhân lực KHCN trình độ cao, như tại các tổ chức KHCN của các bộ, ngành, thì vốn đầu tư phát triển lại được bố trí thấp. Cụ thể là, cứ mỗi đồng chi thường xuyên được bố trí, bình quân, chỉ có 0,5 đồng từ chi đầu tư phát triển. Xét theo nguyên tắc chi đầu tư cơ bản (nguồn nhân lực sẵn sàng đến đâu, tập trung bố trí cơ sở, vật chất,  thiết bị đến đó để phát huy hiệu quả cao nhất đồng vốn bỏ ra), thì thời gian qua chúng ta tiến hành phân bổ chi đầu tư phát triển và chi thường xuyên cho KHCN không theo nguyên tắc này.

Với những bất hợp lý như vậy, thiết nghĩ Nhà nước cần quy hoạch lại hệ thống tổ chức KHCN quốc gia theo hướng nâng cao năng lực, hiệu quả hoạt động; tái cấu trúc hệ thống tổ chức KHCN công lập. Có định hướng tập trung đầu tư một số tổ chức KHCN mạnh, trọng điểm trở thành trung tâm KHCN hàng đầu quốc gia; xây dựng tại mỗi vùng kinh tế trọng điểm ít nhất một tổ chức KHCN mạnh gắn với tiềm năng, lợi thế của vùng và liên kết chặt với các đại học vùng.

Bên cạnh đó, chi đầu tư phát triển cho KHCN cần được bố trí theo mức độ ưu tiên đầu tư của quy hoạch hệ thống tổ chức KHCN. Chi đầu tư phát triển cho KHCN là chi đầu tư cơ bản cho lĩnh vực quốc sách hàng đầu, do đó, cần ban hành quy định về nguyên tắc, tiêu chí, tỷ lệ và quy trình phân bổ chi đầu tư phát triển cho KHCN hàng năm, trong đó quy định rõ vai trò, quyền hạn của từng cơ quan quản lý nhà nước trong công tác xây dựng dự toán và quyết định phương án phân bổ ngân sách nhà nước cho KHCN, kể cả cơ chế điều tiết ngân sách KHCN đã phân bổ cho các bộ, ngành, địa phương (trong trường hợp cần thiết) để khắc phục cơ bản tình trạng đầu tư dàn trải, phân tán nguồn vốn ngân sách KHCN, nâng cao tính trách nhiệm và hiệu quả đầu tư.