Cuối những năm 80 và đầu 90 của thế kỷ 20, theo Nghị định số 35/HÐBT, các viện nghiên cứu khoa học chuyên ngành (Trung tâm khoa học tự nhiên và công nghệ quốc gia trước đây) tiến hành thành lập các liên hiệp, trung tâm nhằm đưa các kết quả nghiên cứu ứng dụng vào sản xuất, kinh doanh phục vụ đời sống. Phải nói rằng, đây là bước "cởi trói" cho các tổ chức khoa học trong bối cảnh chuyển đổi từ cơ chế quan liêu, bao cấp sang cơ chế mới. Ðược "bung ra", các doanh nghiệp 35 trong đó có các trung tâm, liên hiệp khoa học sản xuất thuộc Viện Khoa học vật liệu, Công nghệ sinh học, Cơ học và Tin học ứng dụng, Hóa học và Các hợp chất thiên nhiên, Công nghệ môi trường... có điều kiện khơi dậy và phát huy khả năng của đội ngũ cán bộ nghiên cứu, ứng dụng vào thực tiễn cuộc sống. Không ít cán bộ lâu năm Viện KH và CNVN cho rằng, một số doanh nghiệp, trong khoảng thời gian hàng chục năm với cơ chế tự lo việc, tự trang trải đã tìm tòi, sáng tạo và cung cấp cho thị trường các mặt hàng có giá trị thiết thực. Chẳng hạn như Trung tâm phát triển công nghệ cao (Viện Công nghệ môi trường), Liên hiệp khoa học sản xuất vật liệu mới và thiết bị, Liên hiệp khoa học sản xuất quang - hóa - điện tử (Viện Khoa học vật liệu), Trung tâm công nghệ hóa dược (Viện hóa học)... đã có hàng trăm sản phẩm phục vụ các ngành xây dựng, giao thông, thủy điện, y tế. Hằng năm, các doanh nghiệp 35 đã ký kết được khá nhiều hợp đồng kinh tế - kỹ thuật với bên ngoài, đạt doanh thu nhiều tỷ đồng; góp phần nâng cao đời sống cho hàng trăm cán bộ, nhân viên.

Về cơ bản, mô hình doanh nghiệp 35, một thời tạo không khí "dễ thở" cho các tổ chức nghiên cứu khoa học thuộc Viện KH và CNVN. Tuy nhiên, do cơ chế quản lý thiếu sự thống nhất, lúc thuộc Trung tâm Khoa học tự nhiên và Công nghệ quốc gia trước đây, lúc được giao về cho Ban Tài chính - Kế hoạch (Viện KH và CNVN), sau đó lại đưa về các viện nghiên cứu chuyên ngành. Hoạt động theo kiểu mạnh ai nấy làm, mỗi liên hiệp Khoa học sản xuất bao gồm hai, ba xí nghiệp hoặc phân xưởng, hạch toán hằng tháng, hằng quý và cả năm một cách độc lập theo hình thức báo sổ "tù mù" không phụ thuộc vào đơn vị chủ quản. Sự lỏng lẻo trong quản lý, thiếu cơ chế kiểm tra, giám sát nên có không ít hạn chế, một bộ phận lãnh đạo hoàn toàn không nắm được một chút gì về hoạt động của họ, thiếu minh bạch về tài chính và tài sản, không công bằng trong ăn chia đã dẫn đến tình trạng một số doanh nghiệp 35, khoảng năm năm trở lại đây rơi vào trạng thái lao đao, thậm chí có nơi mất đoàn kết nội bộ.

Thực hiện Nghị định 96/2010/NÐ-CP (ngày 20-9-2010) của Chính phủ về sửa đổi bổ sung một số điều của Nghị định 115/2005/NÐ-CP của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của tổ chức Khoa học và Công nghệ công lập, Nghị định số 80/2007/NÐ-CP (ngày 19-5-2007) của Chính phủ về Doanh nghiệp Khoa học và Công nghệ. Ðồng thời thực hiện Nghị quyết số 23 (ngày 17-6-2011) của Ban Thường vụ Ðảng ủy Viện KH và CNVN về việc sắp xếp chuyển đổi các đơn vị hoạt động theo Nghị định số 35/HÐBT (nay là Chính phủ) sang hình thức hoạt động mới. Theo đó, các doanh nghiệp 35 có thể lựa chọn phương án chuyển đổi như sau: Chuyển thành doanh nghiệp Khoa học và Công nghệ (hình thức 1), chuyển thành Công ty TNHH, Công ty cổ phần, hợp tác xã hoạt động theo quy định của pháp luật (hình thức 2), chuyển thành tổ chức khoa học và công nghệ cấp phòng, tự trang trải kinh phí hoạt động thường xuyên do viện chuyên ngành quản lý (không có tư cách pháp nhân, hạch toán phụ thuộc - hình thức 3), sắp xếp chuyển các bộ phận làm nghiên cứu về các phòng chuyên môn thuộc các viện chuyên ngành, số còn lại lựa chọn theo các hình thức 1, 2, 3 nêu trên (hình thức 4) và hình thức 5 là giải thể. Hướng dẫn chỉ đạo của Viện KH và CNVN (ngày 25-7-2011) là các doanh nghiệp 35 có trách nhiệm xây dựng đề án chuyển đổi. Trong đó cần nêu rõ hiện trạng của đơn vị mình, bao gồm tổ chức bộ máy (cán bộ trong biên chế Nhà nước, lao động hợp đồng bảo hiểm, hợp đồng lao động thời vụ...) có đến thời điểm ngày 31-6-2011. Về tài chính, đề cập tình hình sản xuất, kinh doanh trong các năm 2008, 2009, 2010 và sáu tháng đầu năm 2011 (có báo cáo quyết toán, doanh thu, chi phí, lợi nhuận), tình hình thực hiện nghĩa vụ tài chính với Nhà nước và tài sản của đơn vị trước khi có đề án chuyển đổi. Viện KH và CNVN cũng quy định các doanh nghiệp 35 lựa chọn phương án chuyển đổi theo một trong năm hình thức nói trên, nhưng phải có biện pháp giải quyết các vấn đề về tổ chức, nhân sự, tài chính, tài sản, đất đai một cách cụ thể, minh bạch và hợp lý. Ðề án chuyển đổi doanh nghiệp 35 theo quy trình viện trưởng chuyên ngành xem xét, phê duyệt đề án chuyển đổi của đơn vị do viện trực tiếp quản lý, sau đó trình lãnh đạo Viện KH và CNVN phê duyệt.

Ðược biết đến thời điểm này, một số doanh nghiệp 35 thuộc các viện chuyên ngành đã được lãnh đạo Viện KH và CNVN ký quyết định chuyển đổi sang hình thức hoạt động mới. Chẳng hạn Liên hiệp khoa học sản xuất công nghệ sinh học và môi trường (Viện Công nghệ sinh học) thành Doanh nghiệp Khoa học và Công nghệ; Liên hiệp Khoa học sản xuất vật liệu mới và thiết bị (Viện Khoa học vật liệu) thành Công ty TNHH Công nghệ vật liệu mới thiết bị và xây dựng; Trung tâm phát triển công nghệ cao (Viện Công nghệ môi trường) thành Công ty cổ phần Phát triển công nghệ cao môi trường, Trung tâm Công nghệ (Viện Cơ học và tin học ứng dụng) thành đơn vị nghiên cứu và triển khai công nghệ cấp phòng (không có tư cách pháp nhân)... Song bên cạnh phần lớn các doanh nghiệp 35 đã xây dựng đề án chuyển đổi thì cũng còn không ít đơn vị kiểu này vì công nợ, quyền lợi về cơ sở vật chất khó giải quyết hay do mâu thuẫn nội bộ mất đoàn kết mà trong cùng một liên hiệp có bộ phận xây dựng đề án chuyển đổi nhưng có bộ phận lại không. Tình trạng "lùng nhùng" này cần sự "xắn tay" quyết liệt hơn của các viện chuyên ngành và của cả Viện KH và CNVN để có thể chuyển đổi hết các doanh nghiệp 35 sang các hình thức mới phù hợp.