Theo TS Nguyễn Quân, KHCN Việt Nam hiện nay có 6 khó khăn và thách thức lớn gồm: đội ngũ cán bộ KHCN rất thiếu cả về số lượng và chất lượng; cơ sở vật chất kỹ thuật phần lớn là lạc hậu; đầu tư tài chính bất cập; chưa thực thi có hiệu quả hoạt động nghiên cứu - triển khai; doanh nghiệp (DN) tham gia hoạt động KHCN còn ít; hệ thống các cơ quan nghiên cứu, chuyển giao KHCN ở các địa phương còn yếu.

TS Nguyễn Quân lấy dẫn chứng về tình hình nghiên cứu, triển khai KHCN trong DN còn hạn chế qua việc đầu tư cho lĩnh vực này hiện ở mức rất thấp. Hầu hết các DN mới đầu tư khoảng 0,2-0,3% doanh thu cho nghiên cứu khoa học, đổi mới công nghệ (tỉ lệ này ở Hàn Quốc là 10%, Ấn Độ là 5%). Mặc dù Luật Thuế thu nhập DN đã có điều khoản quy định DN được trích tới 10% lợi nhuận trước thuế để lập quỹ phát triển KHCN nhưng hầu hết DN không thực hiện.