Ðể thực hiện được mục tiêu và nhiệm vụ nêu trên, Chiến lược phát triển KH và CN Việt Nam giai đoạn 2011-2020 cũng cần xác định và chỉ ra được những khâu đột phá để tập trung các nguồn lực và giải pháp chính sách thích hợp, nhanh chóng thay đổi môi trường, thiết chế, tạo ra sự chuyển biến rõ rệt trong hiệu quả của tổ chức, hoạt động và quản lý KH và CN, làm cho KH và CN thật sự trở thành động lực thúc đẩy tăng trưởng và phát triển kinh tế - xã hội, an ninh, quốc phòng.

Ðột phá đầu tiên trong Chiến lược phát triển KH và CN Việt Nam giai đoạn 2011-2020, theo chúng tôi, chính là khâu xác định đúng những yêu cầu, nhiệm vụ đặt ra cho hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ ở các ngành, các cấp, các địa phương. Cần tập trung nỗ lực và đưa ra cơ chế bảo đảm khả năng xác định trúng các nhiệm vụ, đồng thời sàng lọc, hạn chế thấp nhất những nhiệm vụ bị xác định sai, không đúng tầm. Bên cạnh một số kết quả nổi bật, hiệu quả hoạt động KH và CN chưa cao đang là một trong những tồn tại từ nhiều năm nay mà xã hội và bản thân cộng đồng KH và CN nhìn chung chưa hài lòng. Nguyên nhân của thực trạng này có nhiều, nhưng trước hết và chủ yếu là do khâu xác định nhiệm vụ còn nhiều hạn chế và bất cập. Bản thân lãnh đạo các cấp cũng chưa quan tâm, chủ động đặt ra và đặt trúng các vấn đề thực tiễn trước mắt và trong tương lai cần thiết phải tiến hành nghiên cứu. Phần lớn các doanh nghiệp chưa quan tâm và thật sự cần đến các giải pháp KH và CN cho nên các vấn đề đặt ra cho KH và CN cũng còn chưa thường xuyên và rõ ràng. Phần đông các nhà KH và CN còn hạn chế về tư duy và nhãn quan liên ngành cho nên chủ yếu mới chỉ đề xuất các vấn đề thuộc chuyên ngành hẹp của mình và ở phạm vi tầm hiểu biết của mình, làm cho tính liên ngành của các nhiệm vụ đặt ra còn chưa rõ. Trong điều kiện như vậy, cần tạo ra cơ chế, quy trình bảo đảm xác định đúng tầm và đúng những vấn đề trọng tâm cho nghiên cứu để không lãng phí các nguồn lực, thời gian và công sức của đội ngũ các nhà KH và CN.

Ðột phá thứ hai là, cần tập trung cho các giải pháp về nhân lực và đầu tư tài chính cho KH và CN. Ðây là hai điều kiện cơ bản bảo đảm thực thi các nhiệm vụ KH và CN. Về nhân lực, cần tập trung cho một số loại nhân lực nhất định. Ðó là đội ngũ nhân lực có khả năng đặt ra các vấn đề và nhiệm vụ KH và CN, làm các tổng công trình sư có đủ năng lực thiết kế và chỉ đạo thực hiện hiệu quả các nhiệm vụ KH và CN lớn mang tầm vóc quốc gia, các nhóm nghiên cứu liên ngành trong thực hiện các nhiệm vụ KH và CN và đặc biệt cần nâng cấp ngay đội ngũ cán bộ làm công tác quản lý KH và CN. Ðào tạo là giải pháp về lâu dài, nhưng trước mắt có thể dùng các chính sách đặc biệt để thu hút và sử dụng kịp thời lực lượng KH và CN hiện có ở cả trong và ngoài nước. Các chính sách này sẽ nhanh chóng mang lại hiệu quả, ít tốn kém tiền bạc và thời gian hơn là đổi mới công tác đào tạo nhân lực mà thông thường chỉ phát huy tác dụng trong tương lai xa (ít nhất 10 đến 15 năm sau). Chính sách đầu tư và cơ chế tài chính cho hoạt động KH và CN mặc dù đã được đổi mới, nhưng cho đến nay vẫn còn là khâu yếu trong hệ thống bảo đảm nguồn lực và môi trường thuận lợi cho hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ. Kinh phí đầu tư cho các hoạt động KH và CN cần được quản lý thống nhất, phân bổ theo cơ cấu hợp lý giữa các nhiệm vụ bảo đảm hạ tầng (đầu tư phát triển), nghiên cứu và phát triển (theo các kênh chương trình, đề tài trọng điểm cấp nhà nước và hệ thống các quỹ), và các khoản chi thường xuyên. Trong đó, ngoài việc bảo đảm đủ kinh phí hỗ trợ đổi mới công nghệ cho khu vực doanh nghiệp cũng cần đầu tư tới ngưỡng cho các nghiên cứu cơ bản định hướng ứng dụng, tạo dự trữ cho các ứng dụng vào sản xuất và đời sống trong tương lai. Khắc phục những bất cập trong chế độ chi tiêu và thủ tục thanh quyết toán kinh phí thực hiện các nhiệm vụ KH và CN, tạo cơ chế minh bạch về thu nhập để các nhà khoa học có thể đủ sống và làm nghiên cứu một cách trung thực, hiệu quả.

Ðột phá thứ ba là, tập trung xây dựng và tạo cơ chế để phát huy vai trò của các doanh nghiệp KH và CN, bên cạnh cơ chế chuyển đổi các tổ chức KH và CN công lập sang cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm. Các doanh nghiệp KH và CN sẽ là nơi gắn kết hoạt động nghiên cứu và phát triển với hoạt động sản xuất, kinh doanh. Việc hình thành các doanh nghiệp KH và CN sẽ tạo ra một "kênh" liên kết mới cho các hoạt động KH và CN và hoạt động sản xuất, kinh doanh. Nói cách khác, các doanh nghiệp KH và CN thành lập mới sẽ vừa là loại hình tổ chức KH và CN mới (mang bản chất và hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp) lại vừa là loại hình doanh nghiệp mới (sản xuất, kinh doanh dựa trên tri thức và công nghệ mới). Thực chất, các doanh nghiệp KH và CN sẽ trở thành một lực lượng sản xuất mới đi tiên phong trong sản xuất các sản phẩm và dịch vụ mới, tạo ra các ngành sản xuất mới dựa trên tri thức và công nghệ mới, có khả năng cạnh tranh, tạo ra giá trị gia tăng cao, lợi nhuận cao, từ đó đẩy nhanh tốc độ tăng trưởng, tạo ra nhiều việc làm và phát triển bền vững nền kinh tế. Ðược nuôi sống và phát triển trên nền tảng của ứng dụng tri thức KH và CN, các doanh nghiệp KH và CN sẽ là một trong những nơi đặt ra nhu cầu cụ thể, thiết thực cho hoạt động nghiên cứu và phát triển, đóng vai trò là trung tâm liên kết trong hệ thống đổi mới quốc gia, hỗ trợ cho các tổ chức KH và CN công lập nhanh chóng chuyển đổi và chuyển đổi thuận lợi sang cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm. Thông qua hiệu quả hoạt động và đóng góp của các doanh nghiệp KH và CN này sẽ chứng minh thuyết phục nhất cho vai trò nền tảng, động lực của tri thức KH và CN đối với phát triển kinh tế - xã hội, bảo đảm an ninh - quốc phòng. Cơ chế, chính sách đầu tư phát triển KH và CN trong giai đoạn 2011-2020 do vậy sẽ cần tập trung cho mục tiêu xây dựng và phát huy vai trò của các doanh nghiệp KH và CN, coi đây là khâu đột phá quan trọng trong Chiến lược phát triển KH và CN Việt Nam giai đoạn 2011-2020.