Chi Ngân sách Nhà nước cho KH&CN lâu nay được chia thành ba loại là chi thường xuyên cho sự nghiệp khoa học (trên 39%), chi đầu tư phát triển (33%), còn lại là chi cho dự phòng. Trong chi thường xuyên cho sự nghiệp khoa học, các Bộ ngành Trung ương chiếm hai phần ba, các địa phương chiếm một phần ba. Trong chi đầu tư phát triển, các Bộ ngành Trung ương và các địa phương mỗi bên chiếm một nửa.

Trong các khoản chi KH&CN cho địa phương, Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh chiếm một tỷ trọng lớn, 33% trong tổng chi thường xuyên cho sự nghiệp KH và 45% trong tổng chi đầu tư và phát triển trên cả nước. Từ năm 2010, các khoản chi KH&CN được phân bổ cho các địa phương dựa trên 3 tiêu chí cơ bản là dân số, mức đóng góp vào GDP của địa phương, và tiềm lực KH&CN. Tuy nhiên, đối với chi cho đầu tư và phát triển, nhiều khi Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ Tài chính tiến hành phân bổ mà không hỏi ý kiến Bộ Khoa học và Công nghệ. Bất cập này sẽ phải sửa đổi khi chúng ta thực hiện Luật KH&CN sửa đổi, trong đó Bộ KH&CN sẽ là cơ quan chủ trì dự toán cơ cấu chi cho KH&CN từ NSNN.

Một bất cập khá phổ biến khác trong chi KH&CN cho các địa phương là tỷ lệ chi thường xuyên cho sự nghiệp khoa học quá ít, trong khi chi cho đầu tư phát triển – tức chi đầu tư vào phần cứng là các cơ sở, trang thiết bị KH&CN – lại quá cao, khiến lâu nay, nhiều giám đốc các Sở KH&CN kiến nghị được chuyển bớt phần chi đầu tư phát triển sang chi thường xuyên cho sự nghiệp khoa học.  Cụ thể là hiện nay tại các địa phương cứ 1 đồng chi cho sự nghiệp thì 1,5 đồng chi cho đầu tư phát triển, trong khi ở các Bộ, ngành Trung ương, cứ 1 đồng chi cho sự nghiệp thì chỉ có 0,5 đồng chi cho đầu tư phát triển. Như vậy, tỷ lệ chi cho phần cứng so với phần mềm ở địa phương cao gấp 3 lần so với Trung ương, gây hệ quả tất yếu là tình trạng đầu tư cho nhân lực KH&CN ở các địa phương rất sơ sài, trong khi lại đầu tư vào các cơ sở, trang thiết bị một cách lãng phí. Do vậy sự bất cân đối này trong đầu tư KH&CN cho các địa phương phải được xem xét điều chỉnh trong thời gian tới để kinh phí đầu tư phù hợp với quy hoạch về nhân lực KH&CN.

Thực hiện mục tiêu Chiến lược KH&CN đối với các địa phương

Để đầu tư cho KH&CN tại địa phương thực sự đi vào đời sống, đồng thời đáp ứng các mục tiêu cơ bản mà Chiến lược Phát triển KH&CN 2011-2020 đề ra cho các địa phương là khai thác lợi thế, đặc thù vùng và tăng cường mối liên kết giữa khoa học, giáo dục đào tạo, và sản xuất kinh doanh, một giải pháp hết sức quan trọng là thúc đẩy mối liên kết 3 nhà (Nhà nước – các trường/viện nghiên cứu – doanh nghiệp). Trong đó, các trung tâm ứng dụng KH&CN tại các địa phương phải là những đầu mối, là cầu nối liên kết giữa các viện/trường với doanh nghiệp, hoặc trở thành máy cái, nơi tiếp nhận công nghệ từ các tổ chức KH&CN để phổ biến, nhân rộng tới bà con nông dân.

Bên cạnh đó, trong bối cảnh hầu hết doanh nghiệp ở Việt Nam là doanh nghiệp nhỏ và vừa với tiềm lực hạn chế, sự hỗ trợ của Nhà nước, chính quyền địa phương cho doanh nghiệp trong các dự án KH&CN liên kết với các tổ chức nghiên cứu là rất cần thiết. Tuy Nhà nước không thể đầu tư thay doanh nghiệp nhưng có thể tài trợ một phần, hoặc hỗ trợ nguồn tín dụng ưu đãi cho các dự án này, và tích cực tháo gỡ những vướng mắc trong cơ chế, chính sách. Các địa phương cần chủ động hơn nữa trong việc sử dụng các nguồn lực sẵn có – không chỉ trông chờ vào kinh phí từ NSNN cho KH&CN – hỗ trợ doanh nghiệp đầu tư cho KH&CN, đặc biệt là các dự án có tính khả thi cao, đem lại hiệu quả kinh tế không chỉ cho bản thân doanh nghiệp mà cả xã hội, ví dụ như dự án áp dụng chiếu sáng công nghệ cao của Công ty CP Bóng đèn Phích nước Rạng Đông giúp cải thiện năng suất sản xuất nông nghiệp của bà con nông dân. Có thể nói rằng vướng mắc hiện nay trong việc hỗ trợ doanh nghiệp tại các địa phương không hoàn toàn ở cơ chế, chính sách từ Trung ương, mà chủ yếu là do ý chí chính trị của bản thân các địa phương có đủ mạnh hay không.