Trước thực trạng hoạt động KHCN của Việt Nam chưa thực sự hiệu quả so với tiềm năng, ngoài nguyên nhân được nhiều người đề cập là do cơ chế tài chính còn nhiều bất cập, đầu tư cho KHCN còn quá khiêm tốn, cơ sở vật chất còn nghèo nàn, mức lương cho cán bộ KHCN, được coi như vốn đầu tư cho KHCN nhưng còn quá thấp không đủ sống, không đảm bảo cho bất kỳ nhà khoa học chân chính nào có thể yên tâm để làm việc và sáng tạo, theo tôi, còn có hai yếu tố cơ bản nhưng ít được đề cập đến. Đó là bản thân nhà khoa học và Hệ thống tổ chức nghiên cứu KHCN còn yếu kém.

Trong khi ở hầu hết các nước, một nhà khoa học có khả năng độc lập nghiên cứu thường phải tốt nghiệp tiến sĩ và có thời gian hai năm hậu tiến sĩ (postdoc), mới đạt chuẩn tối thiểu để tuyển chọn vào các vị trí nghiên cứu, thì ở ta một sinh viên mới tốt nghiệp đại học có thể được tuyển vào biên chế của một viện và nghiễm nhiên trở thành một cán bộ nghiên cứu. Ở ta, số nhà khoa học thuộc dạng này lại chiếm tới 70% lực lượng cán bộ nghiên cứu, và họ thực sự trở thành lực cản đối với những nhà khoa học có khả năng thật sự; đồng thời, điều quan trọng hơn là ngay cả những nhà khoa học đạt chuẩn quốc tế cũng rất ít nhà khoa học có được bản lĩnh dấn thân trong nghiên cứu; Hệ thống tổ chức KHCN với các Viện nghiên cứu đông đảo, cơ chế vận hành nặng về hành chính cứng nhắc, cào đều, không gắn kết với giáo dục đào tạo; việc xét duyệt, nghiệm thu các đề tài nghiên cứu, nhất là trong nghiên cứu triển khai còn thiếu công khai minh bạch.

Vì vậy để nâng cao chất lượng hoạt động KHCN trước hết cần:

Tổ chức lại hệ thống nghiên cứu KHCN: Tổ chức nghiên cứu theo mô hình tiên tiến ở Mỹ và châu Âu, theo đó tổ chức các Viện Nghiên cứu thuộc các trường đại học hoặc các Trung tâm nghiên cứu KHCN. Mỗi Viện nghiên cứu gồm một số Phòng, Ban nghiên cứu (Department), mỗi Phòng nghiên cứu bao gồm một số phòng thí nghiệm cùng chuyên ngành nhưng theo các hướng nghiên cứu khác nhau. Mỗi phòng thí nghiệm do một nhà khoa học đủ trình độ và năng lực quốc tế đứng đầu. Có thể mời các nhà khoa học người Việt ở nước ngoài hoặc chuyên gia quốc tế đảm nhiệm. Hệ thống các phòng thí nghiệm đạt chuẩn (Key Laboratory) được đầu tư đồng bộ từ con người đến cơ sở vật chất chính là hệ thống nòng cốt cho mạng lưới tổ chức hoạt động KHCN. Mỗi phòng thí nghiệm là một tập thể KH mạnh gồm 3-5 nhà khoa học thuộc diện cứng (permanent staff) và một số cán bộ được Trưởng phòng thí nghiệm tuyển chọn theo nhu cầu và đáp ứng được yêu cầu đề tài, trong đó dành các vị trí postdoc, và nghiên cứu sinh cho những người Việt Nam và quốc tế có phẩm chất và năng lực để thực thi đề tài. Thành lập các Hội đồng thẩm định tổ chức đấu thầu cạnh tranh và bổ nhiệm những người xứng đáng đứng đầu các Viện nghiên cứu và các trưởng phòng thí nghiệm. Trên cơ sở đó, đầu tư cơ sở vật chất đồng bộ cho các Phòng thí nghiệm (thường khoảng trên dưới 1 triệu USD cho một phòng thí nghiệm nghiên cứu thực nghiệm).

Sắp xếp lại đội ngũ nghiên cứu KHCN: Cần phân loại và sắp xếp lại đội ngũ nghiên cứu KHCN, qua đó mạnh dạn đưa ra khỏi biên chế khoảng 70-75% số người hiện đang trong biên chế cứng hoặc hợp đồng dài hạn, chỉ giữ lại một bộ khung nghiên cứu nòng cốt gồm các nhà khoa học có trình độ và năng lực thật sự (tương đương chuẩn của nghiên cứu viên chính hoặc phó giáo sư trở lên). Ngoài đầu tư cơ sở vật chất, cần có mức lương bảo đảm cho đội ngũ này yên tâm làm việc. Số người dôi ra vẫn hưởng lương như cũ trong thời gian 1-2 năm cho đến khi tìm việc mới. 

Chuyển tất cả các Chương trình KHCN trọng điểm sang mô hình Quỹ KHCN quốc gia: Thành lập các Hội đồng xứng tâm và tầm để thẩm định, xét duyệt, đánh giá đề tài theo thông lệ quốc tế.

Định kỳ đánh giá hiệu quả nghiên cứu: Đối với nhà khoa học cần được đánh giá hằng năm hoặc theo tiến độ đề tài, còn đối với các tổ chức KHCN, định kỳ 5 năm thành lập các Hội đồng thẩm định, đánh giá hiệu quả hoạt động khoa học của các Phòng thí nghiệm, Viện nghiên cứu theo các tiêu chí quốc tế, thậm chí có thể mời cả chuyên gia tư vấn quốc tế tham gia các Hội đồng thẩm định, trên cơ sở thu hút nguồn kinh phí, kết quả nghiên cứu, đào tạo, khả năng phát triển, ảnh hưởng đối với cộng đồng xã hội.